2001年8月，根據(jù)《中共貴州省委、貴州省關于貴州省藥品監(jiān)督管理體制改革的實施意見》精神，組建黔西南布依族苗族自治州藥品監(jiān)督管理局，為貴州省食品藥品監(jiān)督管理局的直屬機構，正縣級建制。
　　2004年4月，按照《中共貴州省委辦公廳、貴州省辦公廳關于貴州省機構改革的實施意見》和貴州省機構編制委員會辦公室《關于省、市、縣藥品監(jiān)督管理局更名的批復》精神，黔西南州藥品監(jiān)督管理局更名為黔西南州食品藥品監(jiān)督管理局。
　　2010年2月，根據(jù)《中共黔西南州委州關于印發(fā)〈黔西南州機構改革的實施意見〉的通知》（州委〔2010〕15號）黔西南州食品藥品監(jiān)督管理局由省以下垂直管理機構調(diào)整為州工作部門。
　　主要職責
　　（一）貫徹實施國家有關藥品、醫(yī)療器械、保健食品、化妝品和消費環(huán)節(jié)食品監(jiān)督管理的法律法規(guī)和方針政策。
　�。ǘ�）負責消費環(huán)節(jié)食品衛(wèi)生許可和食品監(jiān)督管理。
　�。ㄈ�）組織實施消費環(huán)節(jié)食品管理規(guī)范，開展消費環(huán)節(jié)食品狀況調(diào)查和監(jiān)測工作，發(fā)布與消費環(huán)節(jié)食品監(jiān)管有關信息。
　　（四）依法承擔保健食品、化妝品的相關審批工作。
　�。ㄎ澹┴撠熕幤�、醫(yī)療器械的行政監(jiān)督和技術監(jiān)督，監(jiān)督實施藥品和醫(yī)療器械研制、生產(chǎn)、流通、使用方面的質(zhì)量管理規(guī)范；指導本轄區(qū)食品藥品檢驗機構的業(yè)務工作。
　�。�六）監(jiān)督實施國家藥品、醫(yī)療器械標準，組織開展藥品不良反應和醫(yī)療器械不良事件監(jiān)測，執(zhí)行國家基本目錄，配合有關部門實施國家基本制度，監(jiān)督實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
　�。ㄆ撸┙M織實施中藥、民族藥監(jiān)督管理規(guī)范和質(zhì)量標準，監(jiān)督實施中藥材生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范、中藥飲片炮制規(guī)范和中藥材品種保護制度。
　�。ò耍┍O(jiān)督管理藥品、醫(yī)療器械質(zhì)量，監(jiān)督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品及藥品類易制毒化學品和藥源性興奮劑，按有關規(guī)定發(fā)布藥品、醫(yī)療器械質(zhì)量信息。
　�。ň牛┮婪ńM織查處消費環(huán)節(jié)食品和藥品、醫(yī)療器械、保健食品、化妝品等的研制、生產(chǎn)、流通、使用方面的違法行為。
　　（十）監(jiān)測保健食品、藥品和醫(yī)療器械產(chǎn)品廣告。
　�。ㄊ�一）指導全州食品藥品有關方面的監(jiān)督管理、應急、稽查和信息化建設工作。
　�。ㄊ�二）開展與食品藥品、醫(yī)療器械、保健食品、化妝品從業(yè)人員資格管理和教育培訓工作。
　�。ㄊ�三）開展與食品藥品監(jiān)督管理和保健食品、化妝品管理有關的交流與合作。
　�。ㄊ�四）承辦州和上級業(yè)務部門交辦的其他事項。
　　三、內(nèi)設機構
　�。ㄒ唬┺k公室。
　　負責機關文電、會務、機要、檔案、保密、統(tǒng)計、信訪、新聞宣傳、政務公開、應急管理、綜合治理、資產(chǎn)管理等制度建設、綜合協(xié)調(diào)和督促檢查工作；指導本系統(tǒng)信息化建設；組織開展與食品、藥品、保健食品、化妝品監(jiān)督管理有關的國內(nèi)外交流與合作。
　�。ǘ�）人事教育科。
　　負責局機關和直屬單位機構編制、人事管理、勞動工資、目標管理工作；組織實施藥學技術職務的申報和初審工作；制定系統(tǒng)人員培訓計劃；組織實施食品藥學從業(yè)人員資格管理和繼續(xù)教育培訓；承擔機關和直屬單位離退休人員的管理和服務工作；負責機關織的日常工作。
　�。ㄈ�）計劃財務科。
　　負責本部門專項經(jīng)費和國家、省、州投資項目經(jīng)費的使用和監(jiān)督工作；制定局機關和直屬單位財務管理制度并組織實施；綜合管理各類資金、資產(chǎn)產(chǎn)權和政府藥品檢測設備的采購工作；編報本部門預算、決算；負責局機關和所屬單位的撥款和資金（資產(chǎn)）管理與監(jiān)督；負責本局行政事業(yè)性收費及罰沒收入的監(jiān)督管理；執(zhí)行收支兩條線原則，定期編制財務報告，進行財務活動分析；負責局機關醫(yī)療保險、住房公積金的管理，健全財務檔案。
　　（四）政策法規(guī)科 。
　　承擔規(guī)范性文件的審核和備案工作；承擔行政執(zhí)法監(jiān)督和聽證工作；承擔有關行政復議、行政應訴和賠償?shù)裙ぷ�；承擔食品藥品監(jiān)督管理有關重大政策的調(diào)研草擬工作；組織行政執(zhí)法培訓和資格管理；指導全州食品藥品監(jiān)督管理機構的依法行政和法制建設。
　�。ㄎ澹┦称繁O(jiān)管科。
　　承擔食品消費環(huán)節(jié)相關行政許可的管理工作；負責消費環(huán)節(jié)食品監(jiān)督管理工作，監(jiān)督實施消費環(huán)節(jié)食品許可和管理有關規(guī)范和標準；依法組織實施并監(jiān)督指導消費環(huán)節(jié)食品的狀況調(diào)查和監(jiān)測工作，會同有關部門發(fā)布監(jiān)管有關工作信息；負責指導和監(jiān)督全州餐飲業(yè)、食堂等消費環(huán)節(jié)食品事故的處理工作；負責消費環(huán)節(jié)食品等相關投訴等工作。
　�。�六）保健食品和化妝品監(jiān)管科。
　　承擔保健食品、化妝品相關行政許可的管理工作；監(jiān)督實施保健食品、化妝品許可有關規(guī)范和標準；依法承擔保健食品、化妝品等相關審查工作和市場監(jiān)管工作；開展保健食品、化妝品狀況調(diào)查和監(jiān)測工作，會同有關部門發(fā)布監(jiān)管有關工作信息；依法審查和監(jiān)測保健食品、化妝品廣告；負責指導和監(jiān)督全州保健食品、化妝品事故的處理工作；負責保健食品、化妝品等相關投訴工作。
　　（七）綜合業(yè)務科。
　　監(jiān)督實施國家藥品生產(chǎn)標準和直接接觸藥品的包裝材料、容器產(chǎn)品目錄、藥用輔料、醫(yī)療機構制劑標準工作；監(jiān)督實施醫(yī)療器械、體外診斷試劑的國家標準、行業(yè)標準、注冊產(chǎn)品標準和生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范；執(zhí)行醫(yī)療器械產(chǎn)品分類管理目錄。依法受理醫(yī)療器械產(chǎn)品、醫(yī)療機構制劑品種的注冊及醫(yī)療器械經(jīng)營許可。依法監(jiān)督檢查醫(yī)療器械生產(chǎn)、經(jīng)營、使用情況；負責醫(yī)療器械有關質(zhì)量的投訴工作。承擔麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品及放射性藥品、藥品類易制毒藥品和藥源性興奮劑的監(jiān)督管理工作；對依賴性濫用進行監(jiān)測和信息反饋；執(zhí)行國家中藥材品種保護制度，監(jiān)督實施中藥材生產(chǎn)、藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范和中藥飲片炮制規(guī)范。
　�。ò耍┧幤肥袌霰O(jiān)管科。
　　監(jiān)督檢查藥品流通管理法律、法規(guī)在轄區(qū)內(nèi)的執(zhí)行情況；監(jiān)督實施藥品經(jīng)營質(zhì)量管理規(guī)范；監(jiān)督檢查藥品經(jīng)營單位的藥品質(zhì)量；負責藥品有關質(zhì)量的投訴工作；負責藥品批發(fā)企業(yè)的資格初審和藥品零售企業(yè)經(jīng)營許可的審批；監(jiān)督執(zhí)行國家基本目錄、處方藥與非處方藥分類管理制度；依法監(jiān)督檢查藥品廣告的發(fā)布情況，承擔藥品互聯(lián)網(wǎng)服務和交易的監(jiān)督管理工作，搜集反饋轄區(qū)內(nèi)藥品質(zhì)量信息。
　　（九）室。
　　抓好黨風廉政建設和反腐敗工作；配合局抓好《懲防綱要》的貫徹落實；負責督促檢查機關和所屬單位黨風廉政建設責任制的貫徹落實；完成州紀委局交辦的其他工作。
　�。ㄊ�）稽查局（副縣級事業(yè)單位）。
　　負責擬定消費環(huán)節(jié)食品、保健食品、化妝品及藥品、醫(yī)療器械監(jiān)督管理稽查制度并組織實施；承擔藥品醫(yī)療器械使用單位的監(jiān)管工作；指導和監(jiān)督轄區(qū)內(nèi)有關方面的稽查執(zhí)法、應急管理、產(chǎn)品召回和案件查處工作；組織查處消費環(huán)節(jié)食品、保健食品、化妝品及藥品、醫(yī)療器械監(jiān)督等有關方面的違法行為；負責轄區(qū)內(nèi)消費環(huán)節(jié)食品、保健食品、化妝品及藥品和醫(yī)療器械的抽樣送檢工作。